Estas 3 opções do comando apt-get são usadas na limpeza do sistema, mas tem funções e significados diferentes.
As três opções podem ser usadas, complementarmente para ajudar a liberar espaço no seu disco rígido e estão relacionadas à gestão de pacotes de softwares instalados no seu sistema.
apt-get autoremove
É usado para remover pacotes que foram instalados automaticamente para satisfazer dependências de outros pacotes e que já não são mais necessários.
apt-get autoclean
Limpa o seu repositório local, removendo os arquivos de pacotes (.deb) que não podem mais ser baixados (versões antigas…) e são completamente inúteis e obsoletos.
apt-get clean
Vai além do autoclean, limpando e removendo todos os arquivos .deb (pacotes) contidos nos diretórios, exeto o lock file:
/var/cache/apt/archives/
e
/var/cache/apt/archives/partial/
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